不理解政策：企业没有关注新的高新认定标准，对新标准不了解，导致资料不完备，无法通过认定。

准备工作不系统：部分企业认为资料准备相对简单，没有系统的安排重新认定的准备工作、投入足够的人力，导致认定准备混乱，资料无法体现企业的高新资质，最终无法通过认定。

内部协调不足：高新认定工作涉及多个部门，由于事前未能统一理解高新认定的新标准，导致部门配合不协调，资料准备不一致，拖延了申报的过程，甚至无法完成年度的申报。

缺乏核心自主知识产权：不重视知识产权的保护，或者不想公开自己的有关技术，没有知识产权的战略意识，这也间接影响了部分实质上符合高新技术企业认定要求的企业申请高新。

研发项目缺乏科学的设计和安排：高新技术企业认定申报的项目需要符合高新申报领域的要求，且因为评价指标中对科技成果转化有数量要求，要求企业对研发项目进行科学的设计和安排，研发费用未按认定办法的要求归集，且比例难以达到认定要求，这些都会影响申报结果。

高新产品或服务收入占比低：企业高新技术产品（服务）收入未达到规定比例或未能有效核算。

知识产权评分低：企业的知识产权可能存在数量不足、质量不高、与主营业务关联度不高等问题。

企业成长性差：企业的销售收入和净资产指标表现不佳，财务成长性评分为0或较低。

研发费用归集不合规：研发费用的归集可能不符合政策规定，或者占比不达标。

科技转化成果能力差：在创新能力评价方面，可能存在得分较低的情况。

申报材料不完整或不准确：申报材料可能存在缺失、错误或逻辑不清晰等问题。

其他问题：例如企业存在违法违规行为、财务管理不规范等。