国家高新技术企业认定存在一定难度，主要体现在以下几个方面：

知识产权要求高：

数量和质量：企业需要有足够的知识产权数量，且对质量也有较高要求。例如，仅仅一两项发明专利可能不足以获得评审专家的认可，对于一些企业来说，获取多项高质量的知识产权存在挑战，特别是对于技术创新能力相对较弱或处于技术追赶阶段的企业。如果企业主要依赖外部购买的知识产权，在评审时的认可度也会相对较低。

相关性和有效性：知识产权必须与企业的主要产品（服务）在技术上具有紧密的相关性，且在申请认定时处于有效状态。确定知识产权与产品的相关性以及保证其有效性，需要企业进行系统的梳理和管理，这也增加了认定的难度。

财务指标要求严格：

研发费用归集：企业需要准确归集近三个会计年度的研究开发费用总额，并满足相应的占比要求。不同规模的企业，研发费用占销售收入的比例不同，例如最近一年销售收入小于 5,000 万元（含）的企业，比例不低于 5%；销售收入在 5,000 万元至 2 亿元（含）的企业，比例不低于 4%；销售收入在 2 亿元以上的企业，比例不低于 3%。研发费用的归集范围较广，包括研发人员工资、shebao、材料费、知识产权申请费、试制费、外包开发费用等，企业需要建立完善的财务核算体系，确保研发费用的准确归集，这对企业的财务管理水平提出了较高要求。

高新技术产品收入占比：近一年高新技术产品（服务）收入需占企业同期总收入的比例不低于 60%。企业需要明确高新技术产品（服务）的范围，准确统计相关收入，并能够提供充分的证明材料，这对于产品或服务类型较为复杂、收入来源多样的企业来说，具有一定的难度。

技术领域和创新能力要求明确：

技术领域符合度：企业的主要技术需属于《国家重点支持的高新技术领域》规定的范围，包括电子信息、生物与新医药、航空航天、新材料、高技术服务、新能源与节能、资源与环境、先进制造与自动化等领域。企业需要对自身的技术进行准确的定位和判断，确保符合国家重点支持的方向，否则可能无法通过认定。

创新能力评价：企业的创新能力评价应达到相应要求，包括企业的技术创新能力、科技成果转化能力、研发组织管理水平等方面。创新能力评价是一个综合性的指标，需要企业在技术研发、成果转化、管理体系等多个方面具备较强的实力和规范的运作，这对于一些缺乏创新管理经验的企业来说是一个挑战。

申报材料准备复杂且需高度严谨：

材料的完整性和准确性：申报材料需要包括企业的基本信息、知识产权证明、财务报表、研发项目证明、科技人员情况等多个方面的内容，且各项材料之间需要相互印证，逻辑严密。例如，企业所得税年度纳税申报表、企业年度审计报告、专项审计报告等涉及到的关键数据，如主营业务收入、主营业务成本、管理费用、研发支出、职工薪酬、利润总额等，必须保持一致。材料的准备工作繁琐，任何一个环节的疏漏或错误都可能导致申报失败。

材料的针对性和说服力：企业需要在申报材料中充分展示自身的技术优势、创新成果和发展潜力，材料的撰写和整理需要具有较强的针对性和说服力。这要求企业对自身的技术和业务有深入的理解，能够准确地提炼和总结关键信息，以满足评审专家的要求。

评审过程严格且竞争激烈：

专家评审：高新技术企业认定评审过程中，专家会对企业的申报材料进行严格的审查和评估。专家来自不同的专业领域，具有丰富的经验和专业知识，他们会从技术、财务、管理等多个角度对企业进行综合评价。企业需要在技术创新、财务状况、管理水平等方面都具备较高的水平，才能通过专家评审。

竞争激烈：随着国家对高新技术企业的支持力度不断加大，越来越多的企业积极参与高新技术企业认定，申报数量逐年增加，竞争日益激烈。在这种情况下，企业需要不断提升自身的实力和竞争力，才能在众多申报企业中脱颖而出。