第一、公司的减资是法律允许的，但是必须要到工商行政管理部门做变更登记。

第二、减资要明确一点，减的是注册资产，而非流动资金或固定资产。

第三、若能理解第二点，你们的问题就很容易解决了。公司成立初期一般不需要太多的资金，而往往是公司在扩张的过程中需要大量的资金。因此你的第一个问题可能理解错了。

第四、你说的分离部门，我理解成分离出子公司或下设分公司。若是分公司不具有独立的法人资格因此，还属于原母公司，没有讨论的必要。若是成立子公司具有独立的法人资格，子公司的成立一般也不会动用公司的注册资本而是使用流动资金或者其他财产。

第五、为了弥补亏损而减资，要理解第二条。举个例子，去年公司亏损100万，使公司的注册资本实际降低，今年公司盈利50万，那这50万就要弥补亏损，不能拿出这50万进行红利分配等等。考虑到第三年的盈利预期不佳弥补不了剩下的50万亏损。这时候就可以去工商行政部门办理减资变更登记。